Смотря как ваше ПО работает.
Если оно управляется конфигами, то можно доставлять на puppet агенты файлы с конфигурацией или править существующие файлы, вот тут неплохо это описано — https://doauto.blog/2013/06/22/how-to-change-a-file-using-puppet/
Если ПО под линукс то можно ставить пакеты — вот пример как это делается https://serverfault.com/questions/188632/how-to-update-a-package-using-puppet-and-a-deb-file
Также можно добавить репозиторий, если у вашего ПО свой репозиторий, вот пример https://puppet.com/blog/module-of-week-puppetlabs-apt-pull-apt-strings-puppet